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Abstract: Splice site consensus values (CVs) are usually calculated using previously described matrices [1] which are obtained through the analysis of a relatively small splice site number (1500) from different organisms. Now, genome annotation becoming complete, a much more accurate definition is possible. Furthermore, recent studies [2, 3, 4] indicate that consensus value itself is not sufficient to define splice site strength and other parameters must be considered to improve splice site definition. To investigate how intron and exon lengths might be exploited by the splicing machinery to ensure proper splicing control and regulation a human intron database has been developed and analyzed.

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Abstract: L’utilizzo programmatico di algoritmi in biologia computazionale presenta quasi sempre parecchie difficoltà. Spesso gli autori scelgono di pubblicare i propri algoritmi mediante interfacce web che ne facilitano l’impiego da parte di un utente umano ma ne rendono impraticabile l’utilizzo all’interno di un processo di elaborazione più complesso da parte di un qualsiasi sistema software. Il problema è ancora più limitante quando l’algoritmo deve essere usato ripetutamente. Anche la disponibilità di versioni compilate o addirittura del codice sorgente non risolve completamente il problema. Infatti, a prescindere dalle difficoltà di installazione/integrazione, vi è pur sempre da risolvere il problema del formato in cui i dati sono richiesti e i risultati forniti. Una soluzione parziale e intuitivamente praticabile è la standardizzazione del formato dei dati. Molti tentativi sono stati fatti in questa direzione ma nessuno ha raggiunto lo scopo di definire un formato generalmente accettato e utilizzato se non in ambiti specifici o all’interno di singole organizzazioni. L’utilizzo di formati definiti mediante schemi XML consente agli algoritmi di identificare il tipo dei dati forniti. L’utilizzo di uno schema XML può risultare assai efficiente se, ad esempio, gli algoritmi possono comunicare mediante SOAP. Abbiamo sviluppato una serie di strumenti in C++ e in modo indipendente dalla piattaforma che consentono l’implementazione di algoritmi in grado di scambiare dati secondo COBITIS; un semplice schema XML. Tali strumenti consentono la trasformazione di dati da diversi formati a COBITIS, l’implementazione di applicazioni client e server che comunicano via SOAP consentendo l’utilizzo remoto e distribuito di algoritmi. In particolare abbiamo sviluppato un server accessibile mediante web services e due client: uno web che sfrutta XSLT per la visualizzazione dei dati risolvendo molti problemi nell’implementazione delle interfacce e uno che consente di accedere al server da Matlab. Riteniamo che, pur rinunciando a imporre qualsiasi ontologia sui dati, questo modello possa risolvere parecchi dei problemi relativi all’utilizzo programmatico di algoritmi in biologia computazionale.

Abstract: The nucleosome core particle is the fundamental repeating subunit of chromatin. It consists of two molecules each of the four ‘core histone ' proteins, H2A, H2B, H3 and H4, and a 147 bp stretch of DNA. A better knowledge of the chromatin nucleosomal organization is crucial to understand many important phenomena occurring in chromosomes. Regulatory mechanisms of gene expression are partially influenced by nucleosome positioning and regions with exposed chromatin (i.e. where nucleosomes are more distant) can be more prone than others to double strand breaks. Analysis of nucleosomal DNA has demonstrated the existence of a weak sequence-dependent signal for nucleosome positioning, this makes classical computational biology methods, like alignment and consensus sequences, poorly applicable here. The ability of DNA to assume certain conformation in certain positions can considerably enhance its binding potential to nucleosomes. According to recent X-ray structure studies, the 147 bp nucleosomal DNA has detectable bends symmetrically displaced around the central position, this suggests the presence of localized periodicities in DNA bendability. Wavelet transform can be used to locally evaluate periodicities allowing to detect positions with a bend distribution similar to known nucleosomal DNA.

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Abstract: Introduction Production of functional mRNAs in eukaryotic organisms is critically dependent upon the accuracy of pre-mRNA splicing. The presence of well-defined cis-elements, namely the 5’ and 3’ splice sites and the branch point, is necessary but not sufficient to define intron-exon boundaries (1). Sequences within exon bodies have a prominent role in promoting exon definition; the best understood exonic elements are represented by exonic splicing enhancers (ESE) which represent binding sites for SR proteins (2). Sequences that act as exonic splicing silencer (ESS) have also been described but are less well characterized than ESEs. It has been reported that pseudoexons (i.e. intronic sequences displaying good 3’ and 5’ splice sites) outnumber real exons by an order of magnitude (3). Recent observations (4, 5) suggest that a subpopulation of pseudoexons might exist in the human genome requiring only subtle changes to become splicing competent. Here we have applied a biocomputational approach to address the question of why pseudoexons are ignored and to identify putative splicing repressor elements.